二代基因测序检测试验室建立 蓝恩励

2020-04-11 热点趋势 阅读

  原题目:二代基因测序检测试验室建立 蓝恩励

  最近几年二代基因测序(next-generation sequencing,NGS)技巧快速开展,其应用已停顿至临床检测,如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原剖析及非侵袭性产前筛查等。国际外有关学会已出台相干共鸣与指南以推动其在临床中的应用。中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等专家停止了充沛评论辩论,拟在NGS的操作流程、数据处理、结果解读等方面作规范和建议,以规范NGS在分子病理范围的应用。

  临床分子病理试验室NGS样本可采取甲醛固定石蜡包埋组织(formalin-fixedparaffin-embedded,FFPE)、新鲜组织、各类体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。本共鸣特点是基于病理评价的组织样本(FFPE、新鲜)的规范。测序剖析范围基于今朝临床需求,本共鸣侧重在于目标区域测序(panel)剖析的实际。随着技巧的更新和应用的成熟,本共鸣将继续更新以满足临床需求。

  

  1、试验室整体请求

  NGS检测试验室的整体设计与请求应参考《分子病理诊断试验室建立指南(试行)》、《医疗机构临床基因扩增考验试验室任务导则》、《集体化医学检测质量保证指南》、《肿瘤集体化治疗检测技巧指南》、《集体化医学检测试验室办理方法》、《测序技巧的集体化医学检测应用技巧指南(试行)》停止。

  1.NGS检测人员的天资请求:NGS检测技巧人员应具有临床病理学、分子生物学的相干专业大年夜专以上学历,并经过NGS技巧的实际与身手培训合格。数据剖析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学常识配景并经生物信息学培训。终究申报应由中级或硕士以上具有病理学配景、经培训合格的本单位执业医师或许授权签字人(医学博士学位或低级职称)审核。

  2.NGS检测试验室的区域设置请求:准绳上NGS试验室应当有以下分区:样本前处理区、试剂贮存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕捉区/多重PCR区域(第一扩增区)、文库扩增区(第二扩增区)、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。各任务区空气及人员流向需求严厉依照《医疗机构临床基因扩增考验试验室任务导则》。分区可依据实践状况吞并,然则在前处理和建库时,血液样本应与组织样天职开。

  3.NGS检测试剂及项目请求:试剂和测序平台均应选择中国食品药品监督办理总局(CFDA)承认产品。触及到试验室自配试剂,应当有严厉的试剂制备规范操作规程(SOP),需经过临床试验室自建项目(LDT)验证合格才可应用。每个NGS检测项目在验证时需求依据建库方法、测序平台和剖析对象和分歧的突变类型包罗,单碱基突变single nucleotidevariant,SNVs、小片段拔出或许缺掉(Indels)、基因拷贝数变异Copynumber variations(CNVs)、染色体结构变异,structuralvariation(SVs)和分歧的样本类型(如FFPE组织、新鲜组织、全血、胸水等)对特定panel的准确性、准确性、敏理性、特异性等功用参数停止LDT验证。应当有经过规范品测试的在分歧的mutant allele frequencies(MAF)下,分歧测序深度的灵敏度及特异性数据,肯定不异样本的可信的测序深度。经历证后,SOP爆发的任何修改,包罗试剂、仪器、基因项目等都需求从新做验证。验证实验结果签名留底立案。

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